История «Вавилона-5» охватывает множество вооружённых конфликтов:
Третья Мировая война, начавшаяся в 2076 году, и завершившаяся в 2084. Земной Альянс был основан сразу после этой войны, как средство недопущения повторения событий.
Первая война между Нарном и Центавром, закончившаяся за сорок лет до начала событий сериала.
Война между дилгарами и Лигой Неприсоединившихся Миров (при поддержке Земного Альянса), произошедшая за тридцать лет до начала событий сериала.
Война между людьми и минбарцами, разразившаяся за десять лет до начала событий сериала.
Вторая война между Нарном и Центавром, длившаяся на протяжении нескольких серий.
Древний конфликт между Ворлонами и Тенями, возобновлённый после тысячелетнего затишья.
Гражданская война на Минбаре между религиозной кастой и кастой воинов.
Гражданская война между тоталитаристским земным режимом президента Кларка и сопротивлением под предводительством «Вавилона-5».
Война между новообразованным Межзвёздным Альянсом и Республикой Центавра.
Война между Земным Альянсом и Дракхами.
Война телепатов, начавшаяся вскоре после событий сериала.
Битва за освобождение Примы Центавра от оккупации Дракхов, начавшаяся через полтора десятилетия после событий сериала.
«Великое Сожжение» — гражданская война между представителями Земного Альянса, начавшаяся спустя пятьсот лет после событий сериала и, предположительно, окончившаяся глобальной катастрофой человеческой цивилизации на Земле.

Большинство из вышеперечисленных конфликтов заканчивались, когда сторона с превосходящей огневой мощью уступала стороне с большим уровнем понимания. В каждом конфликте была забытая «третья сторона» — жертвы конфликта - их судьба и стремления. Обычно тот, кто готов пожертвовать собой, оказывается могущественнее великих армий, а готовый пожертвовать всем ради собственных стремлений проигрывает, несмотря на достигнутые цели.

После всего обнаруживается, что члены противоборствовавших сторон трудятся вместе ради строительства нового будущего. (Примеры: Рейнджеры; Деленн и Нерун; Деленн и Шеридан; Лондо и Г’Кар; Гарибальди и Локли.)

В конце концов, любой конфликт порождается своекорыстием, увековеченным в предрассудках и идеологии, и разрешается после осознания того, что каждая из сторон нуждается в другой для выживания. Ненависть сопутствует глупости, прощение — прагматизму, и мудрость приходит на смену распрям.

Поиски любви и истины

Неразделённая любовь — источник всей боли на «Вавилоне-5». Иванова потеряла всех, кого любила. Ленньер стал жертвой неразделённой любви по своей собственной глупости. Шеридан и Деленн узнали настоящую любовь, ради любви Шеридан воскрес из мёртвых («Whatever Happened to Mr. Garibaldi?»). Маркус замечает: «Иногда любовь забавна, иногда очень печальна.» Гарибальди потребовалось много времени, чтобы понять это.

Но есть те немногие, что забывают о физических желаниях ради великого дела: поиска Святого Грааля или всех имён бога, осуществления пророчества тысячелетней давности.

Одна из философских мыслей режиссера — необходимость учитывать эмоции как неотъемлимой черты одушевленного существа. Впервые это показано в эпизоде «Наступление Теней», в разговоре между императором Турханом и Шериданом, незадолго до того, как император умер, не успев извиниться перед нарнами за преступления, совершённые против них его правительством. Стражински считает этот эпизод украшением сериала[Источник?].

Пагубные зависимости героев

Пагубные привычки играют важную роль в повествовании о «Вавилоне-5». Власть это пагубная привычка, как, впрочем и работа, не говоря уже о насилии или ненависти. Несколько главных героев имеют свою историю вредных пристрастий. Гарибальди — излечившийся алкоголик, посол Лондо Моллари — пьяница, доктор Франклин пристрастился к употреблению синтетических стимуляторов, а Локли в юные годы прошла через период тяжёлой наркотической зависимости. Злоупотребление «прахом» — наркотиком, наделяющим телепатическими способностями, также часто упоминается в сериале.

В связи с зависимостями часто упоминается и одержимость. Шеридан одержим идеей узнать о судьбе своей жены, он готов нарушить все законы и правила, когда узнаёт о связи между ней и Морденом. Ненависть нарнов и центавриан друг к другу — нечто среднее между зависимостью и одержимостью.